La Maestría en Agricultura Tropical Sostenible (MATS) es un programa presencial con una duración de dos años con dedicación de tiempo completo. El programa inicia en agosto de cada año teniendo en el primer año lectivo 30 semanas de cursos en Zamorano y 15 semanas que podrían ser en una institución del extranjero al diseñar la pasantía internacional. El segundo año se divide entre la realización de cursos obligatorios, optativos y el proyecto de investigación.

La MATS ha fortalecido las líneas de investigación a través del desarrollo de estudio de tesis que permiten explorar temáticas de interés.